DIMINUINDO TAMANHO DO ARQUIVO IBDATA1 – MYSQL

Realizando backup do banco de dados
[simterm]# mysqldump -u”usuario” -p”senha” bancodedados > bancodedados-bkp.sql
[/simterm]
Remove o banco de dados propriamente dito no console do MySQL:

DROP DATABASE bancodedados;

Pare o serviço do MySQL:
[simterm]Debian# /etc/init.d/mysqld stop
Centos7# systemctl stop mysqld
[/simterm]
Remova o arquivo ibdata1
[simterm]# rm -rf /var/lib/mysql/ibdata1
[/simterm]
Insira as linhas abaixo no arquivo /etc/my.cnf

innodb_buffer_pool_size = 1028M
innodb_file_per_table=1

Inicie o serviço mysqld
[simterm]Debian# /etc/init.d/mysqld start
Centos7# systemctl start mysqld
[/simterm]
Recria o banco de dados no console do MySQL

CREATE DATABASE bancodedados;

Restaura o backup dos banco de dados removido:
[simterm]# mysql -uroot -p bancodedados < bancodedados.sql
[/simterm]

FONTE:

http://wiki.adilson.net.br/linux/banco-de-dados/mysql/tamanho-do-ibdata1
http://lrodrigo.sgs.lncc.br/wp/d19icas/reciclando-o-espaco-utilizado-pelo-arquivo-ibdata1-do-mysql/